Некий научный Рейлган S

Остров Сентан представляет собой удалённую территорию, не вовлечённую в военный конфликт между Северным правительством и Свободной зоной Южного континента. На острове проживает Акиюки Такехара со своей матерью Фусой. Его отец, врач по имени Рюдзо, работает в городе, но поддерживает с семьёй постоянную связь. Однажды утром Акиюки, как обычно, отправляется в школу, захватив с собой приготовленный матерью обед для отца.

Во время учебного дня в школе происходит неожиданный взрыв. Акиюки вместе с друзьями Хару и Фуруити оказывается в эпицентре события. В момент детонации яркий свет воздействует на его руку, вызывая болезненные ощущения. После взрыва перед Акиюки появляется светловолосая девочка, которую он ранее видел в автобусе.

Эта девочка, не давая объяснений, проводит Акиюки к источнику неизвестной силы. В процессе контакта с этой силой Акиюки начинает испытывать новые, ранее незнакомые ему ощущения и воспринимать окружающую реальность иным образом.